Chapter 3 - Information Retrieval

17/10/51 พอดีเริ่มจะง่วงแระ ... 16.00

ขอ รายงานอากาศหน่อยล่ะกัน ... เมื่อวาน 12 องศา ... หนาวมั่กๆ เพราะแถวๆ บ้านเราก็แค่ 16 หรือ 14 ถึงว่าแหละ ... ทำไมเราต้องหาเสื้อหนามั่กๆ มาใส่ด้วย ... ไม่เข้าใจ (เพราะหนาวนี่เอง) ... และวันนี้ 14 องศา ดูเหมือนอุ่นมั่กๆ เช่นกัน ... โอว ... ไม่ใส่เสื้อกันหนาวเลย และไม่รู้สึกว่ามัน 14 องศาด้วย T_T นึกแต่ว่า 16 - 18 นี่แหละ ... เย็นๆ สบายๆ ...

วันนี้ อาจารย์มาพบแต่เช้า เราคุยกันเกี่ยวกับเรื่องงานวิ

จัยว่าให้มาทำอะไร ซึ่งหัวข้อนั้นอาจารย์ยังไม่บอก แต่เห็นว่าอาจารย์ Plan ไว้แล้วว่างั้น ขอบคุงค้าบบบบ

จากนั้น คุยกันสักพัก ... ปึง ... แฟ้มหนังสือ (ดีที่เป็น text book) เรื่องที่อาจารย์ให้ศึกษาเป็นพื้นฐาน ก็คือ Information Retrieval (IR) หรือ การสืบค้นข้อมูลสารสนเทศนั่นเอง ... อาจารย์ก็ถามว่ารู้ป่าว? ... โอ๊ะ ... พอรู้นิดหน่อยครับ ... เพราะจริงๆ ก็พอรู้นั่นแหละว่ามันแปลว่า การสืบค้นข้อมูลสารสนเทศ ... (มันมีคำว่า Information นี่นา) แต่ในเทอมของรายละเอียด เราก็ไม่รู้นี่นา ... เฮ้อ ...

เมื่อวาน mail บอกอาจารย์ว่าอยากลง japanese ที่นี่ ... อาจารย์ฺก็ mail ไปถามอาจารย์ที่สอนให้แล้ว ... เค้าก็มีคำถามมา 3 ข้อก่อน

- อ่าน/เขียน Hiragana กับ Katakana ได้หรือเปล่า?

อัน นี้ก็ต้องบอกว่าลืมแล้ว ... ถ้าจำไม่ผิด แต่ก่อน Hiragana อ่านออกเขียนได้ด้วย :P แต่ Katakana ยังไม่ได้หัดน่ะดิ T_T ... กลับห้องไปคืนนี้ต้องนอนท่องแล้ว ... ไม่ไหว ... เข้าโหมด "กืก" หลายวัน

- แนะนำตัวเบื้องต้นได้หรือเปล่า?

:D อันนี้ซ้อมมาบ้างแหละ ... ได้คับ ... เหอๆ ... Hajimemashite, watashi wa Chaiwat detsu, tomo shimatsu, dozo yoroshigu onegaishimatsu - แปลได้ว่า ... ยินดีที่ได้รู้จัก, ผมชื่อ ชัยวัฒน์ ครับ ขอฝากเนื้อฝากตัว (หัวใจฝากไว้ที่บ้าน) ด้วยนะครับ ... ประมาณนี้ ... ส่วนบทสนทนาง่ายๆ ก็มีบ้างอยู่ครับ

- นับเลข, วัน, เวลาได้หรือเปล่า?

อืม ... เลขน่ะพอได้ ... ช่วงนี้ฟังว่าจะต้องเสียตังค์เท่าไหร่ตลอดแหละ T_T ... และก็วันเงี๊ยะ ... เวลาเงี๊ยะ ... ก็พอได้ ... แต่ช้าหน่อย ... สมองมันยังปรับอยู่น่ะนะ

เฮ้อ ... สรุป ... อาจารย์ก็ว่าจะให้ลง basic course แหละ (นึกว่าจะได้ลง intensive ... อันนี้ได้เรียน คันจิ ด้วย) เรียนทุกวัน ... และเราก็จะได้เป็นนักเรียนแว้ว ... เหอๆ อ้อ ... ดูเหมือน อาจารย์ก็ไม่ค่อยอยากให้ลงเรียนเท่าไหร่นะ เพราะอยากให้ทำ research เต็มที่มากกว่า ... ก็น่ารักดี

วันนี้ไปทานข้าวที่โรงอาหารตอนเที่ยง ... ก็เลยไปนั่งโต๊ะคนไทยเลย :D นึกว่าจะเข้าโหมด "กืก" อยู่ได้ ... เหอๆ

สรุป ... วันนี้ได้เรื่องของการเรียน 1 เรื่อง ซึ่งอาจารย์กำลังดำเนินการให้อยู่ และอ่านหนังสือ Modern Information Retrieval - บทที่ 1 - 2 - 3 คร้าบ ...

ปล. วันนี้พี่จั๊บชวนทานข้าว กับ อ. คนไทย (อ.วี) ... เด๋วไปตอน 5 โมงเย็นค้าบ

Chapter 2 - Property

วัน ถัดมา 16/10/08 นัดกับ tutor เพื่อให้พาไปทำใบเอเลี่ยน (บัตรประชาชนคนต่างด้าว) ... เลยมีความคิดว่า เราเป็นเอเลี่ยนแล้วเหรอเนี่ย T_T แล้วก็ทำประกันวินาศภัยรองรับด้วย แล้วเค้าก็ให้หนังสือมาอ่านเล่น ... เหลือไปเจอหน้าที่มีหิมะท่วมสูงประมาณเมตรกว่า :| ... ก็เลยถาม tutor ไปว่า "every year?" (ไอ้เราถามไปโดยไม่ต้องการ คำตอบว่า YES!!!) เค้าก็ตอบว่า "Yes. Hi" :| โอ๊ะ ... ของแข็งมากเลย ... หิมะกว่าเมตร T_T เรื่องของใบคนต่างดาว เฮ้ย ... ต่างด้าว ก็จะได้เดือนหน้าครับ

จาก นั้นเค้าก็พาเราไปเปิดบัญชี ... อืม ... มีสมุดบัญชีแระ ... ไม่มีตังค์ด้วย (หมายความว่า เปิดบัญชีแบบไม่เสียตังค์ซักเย นเดียว) แล้วก็กลับไปถามที่บริการ นศ. เรื่องทุน ... เค้าบอกว่า Next Monday เงินจะเข้า (แปลได้ประมาณนี้) ก็ดี ... ยังมีติดตัวอยู่กว่าหมื่นเยน :D เรื่อยๆ ครับ

วก กลับไปเมื่อวานอีกก่อน ห้องเหมือน condo มาก (condo ไม่ใช่ condom ... อย่าไปเติม m ให้เองล่ะ) มีครัวครบ .. อย่างน้อยก็เตาแก๊ส, ห้องอาบน้ำ (น้ำร้อน - เย็น), ที่ล้างจาน, เตียง, ผ้าห่มนวมเบ่อเร่อ, โต๊ะ ... เห็นแล้วอยากได้ซักห้องตอนกลับไป ... เสียอย่างเดียว ... แคบ

ตอนแรกก็จัดของเป็นระเบียบ เพราะห้องเค้าจะมีลิ้นชักเยอะมากกกกกกกก เราก็ยัดๆๆๆๆๆๆๆ เข้าไปทั้งหมด ... แต่เที่ยงวันนี้ ... ไปเอาของที่เพื่อนฝากไว้ตอนก่อนก ลับไทย ... ห้องแทบไม่มีทางเดินแระ ... มีทั้งไมโครเวฟ, หม้อหุงข้าว, กระทะ, หม้อ, รวมถึงข้าวที่ยังไม่หุง และอื่นๆ อีกมากมาย ... ป๊าด เพื่อนผมคึใจดีแท้

... ที่ผ่านมาเป็นเรื่องเล่นๆ หมด ... เข้าเรื่องงานแระ ...

วันนี้ เจออาจารย์ที่ปรึกษาแล้ว แต่อาจารย์ดูท่าจะยุ่งๆ อยู่ ไม่ว่างคุยด้วย ท่านก็เลยว่าถ้ามีอะไรก็ให้ส่ง mail มาล่ะกัน ... วันนี้ก็เลยส่งไปว่า อยากเรียนภาษาญี่ปุ่น (จะตายแระ ... บอกอย่างนึง ทำอย่างนึง ... ท่าทางภาษาใบ้ผมไม่รุ่งแน่) และอื่นๆ ที่อาจารย์แนะนำ ... แต่เห็นอาจารย์ว่าพรุ่งนี้ (17/10/08) อาจารย์จะมาคุยงาน Thesis ด้วยครับ :) ก็น่าจะ ok นะ ... อาจารย์พูด eng ได้ปรื๋เลย ... มีกำลังใจขึ้นเยอะทีนี้ ... อิอิ

Chapter 1 - Arrival at NUT

ผมมาถึงที่ Nagaoka University of Technology (NUT) ตั้งแต่วันที่ 15 ต.ค. 51 (เลขสวย) มาถึงก็ไปลงทะเบียนที่หน่วยงานบริการ นศ. และก็เอากระเป๋าไปไว้ที่ห้องครับ


ป้าย บอกเข้ามหาวิทยาลัยมีแค่ป้ายนี้แหละครับที่ผมรู้ ... ไม่เห็นเหมือน มข. เลย ... ป้ายประตูเข้าใหญ่มาาาาาากกกกก ... แต่ที่นี่ ... แค่นี้แหละ ... พอแระว่างั้น


คือ ... ถ้าเทียบกับที่ไทย มานี่ก็แทบจะไม่ทราบได้เลยว่าเป็นมหาวิทยาลัยหรือเปล่า? เพราะ ... ป้าย ... กระมัง


อัน นี้จัดได้ว่าเป็นหน้า มอ ครับ ... ป้ายหินสลักว่าเป็น Nagaoka (2 ตัวแรก) Technology (2 ตัวต่อมา) ที่เหลือไม่ทราบ ... ถาม tutor ไม่ทัน


ครับ ... อย่างที่เคยบอก ... มหาวัทยาลัยอยู่หลังเขา T_T บนเขานั่นเอง ... ก็นะ ... อากาศก็เลยเย็นสบาย


หอ International House ครับ ... ก็เป็นประมาณนี้ ... ทีแรกเข้าใจว่าจะใหญ่กว่านี้ซะอีก T_T (ภาพเหล่านี้เก็บเมื่อวันที่ 19 ต.ค. 51)

วัน ที่มาถึง NUT, tutor เค้าก็พาไปซื้อของ ... แต่ ... เราจะซื้ออะไรล่ะ? ของมาก็ ok แล้ว ... แต่ (demo) เค้าก็อยากพาไป ... เอ้า ... ไปก็ไป ... สรุป ไปซื้อของเล็กๆ น้อยๆ หมดไปเกือบ 3000 yen T_T สาย LAN ก็ต้องซื้อแฮะ

ถึง ตอนนี้ การสื่อสารระหว่างเราเองกับ หน่วยงานบริการ ค่อนข้าง ok เพราะเค้าใช้ eng ได้ดีมาก ... แต่กับ tutor ของเรา (เห็นเค้าบอกว่าเค้า 23 นะ ... ส่วนใหญ่ ป.โท ปี 1) เค้าไม่ค่อยได้ครับ ... คือ อารมณ์ประมาณว่า เค้าก็พยายามสื่อสารกับเรา เราก็พยายามสื่อสารกับเค้า ... japan เรากับ eng เค้า อารมณ์เดียวกัน .. เหอๆ

แบบว่า เราพูดญี่ปุ่นไป เรารู้เรื่องว่าเราถามอะไร ... แต่เวลาเค้าตอบญี่ปุ่นมา ... เราก็เอ๋อดิ T_T ยาวเกินไป ... ฟังบ่ทัน (ญี่ปุ่นจะชอบแต่งแต้มเติมคำไปเรื่อยๆ - พูดเก่ง) ส่วนเค้าเวลาเค้าถามเป็น eng มา เราก็ตอบ eng สั้นๆ ให้เค้า ... แต่ ... อืม ... น่าจะอารมณ์ประมาณเดียวกัน ฮ่าๆๆ ... ค่อยๆ ปรับตัวไป

ไม่ต้องเป็น ห่วงมากนะครับ ... ที่นี่มีคนไทยอยู่เกือบ 40 คน (ถือว่าเยอะมาก) เค้าก็ช่วยๆ ดูแลด้วยครับ เสาร์นี้เห็นว่าจะมี meeting รับน้องกัน เหอๆ ... 1 ในนั้นก็เป็นผมเองแหละ

Install PostgreSQL on Ubuntu

Today I just install postgresql on ubuntu feisty complete ... T_T. Sure I install PostgreSQL v8.2 by using the following command:


$sudo apt-get install postgresql-8.2


Then I install the following package - phppgadmin pgadmin3 pgadmin3-data using command:


$sudo apt-get install phppgadmin pgadmin3 pgadmin3-data


After this, I need to reset the password for the 'postgres' admin account for the server, so I can use this for all of the system administration tasks. Type the following at the command-line (substitute in the password you want to use for your administrator account):


$sudo su postgres -c psql template1
template1=# ALTER USER postgres WITH PASSWORD 'password_you_want';
template1=# \q


Then, from here on in we can use pgAdmin to run the database server.

Finally, I need to open up the server so that I can access and use it remotely - unless you only want to access the database on the local machine (The guidelines here are for opening up your server on a secure LAN - if you are not on a secure LAN you may want to look into adding SSL authentication before proceeding with these steps).

To do this, first, I need to edit the postgresql.conf file:


$sudo gedit /etc/postgresql/8.2/main/postgresql.conf


Now, to edit a couple of lines in the 'Connections and Authentication' section...

Change the line:


#listen_addresses = 'localhost'


to


listen_addresses = '*'


and also change the line:


#password_encryption = on


to


password_encryption = on


Then save the file and close gedit.

Now for the final step, I must define who can access the server. This is all done using the pg_hba.conf file.


$sudo gedit /etc/postgresql/8.2/main/pg_hba.conf


Now add the following lines to the file:


# Allow any user on the local system to connect to any database under
# any user name using Unix-domain sockets (the default for local
# connections).
#
# Database administrative login by UNIX sockets
local all all trust

# TYPE DATABASE USER CIDR-ADDRESS METHOD

# "local" is for Unix domain socket connections only
local all all md5

# IPv4 local connections:
host all all 127.0.0.1/32 md5
# IPv6 local connections:
host all all ::1/128 md5

# Connections for all PCs on the subnet
#
# TYPE DATABASE USER IP-ADDRESS IP-MASK METHOD
host all all [ip address] [subnet mask] md5


and in the last line, add in your subnet mask (i.e. 255.255.255.0) and the IP address of the machine that you would like to access your server (i.e. 138.250.192.115). However, if you would like to enable access to a range of IP addresses, just substitute the last number for a zero and all machines within that range will be allowed access (i.e. 138.250.192.0 would allow all machines with an IP address 138.250.192.x to use the database server).

That's it, now all you have to do is restart the server and all should be working!


$sudo /etc/init.d/postgresql-8.2 restart


Web Services for Bioinformatics

Sine June 2006, I am interesting about Web Services for Bioinformatics. The first that I interested was Sharing genome data using web services from independent database sources.

From the following below are url of articles that talk about web services for bioinformatics:

• http://webservices.xml.com/pub/a/ws/2002/05/14/biows.html
• http://www.ibm.com/developerworks/webservices/library/ws-bioinfo.html
• http://www.ibm.com/developerworks/webservices/library/ws-bioinfo2.html
• http://radar.oreilly.com/archives/2006/08/web_services_for_bioinformatic.html
• http://psb.stanford.edu/psb04/tut_jensen.html
• http://www.bioinfotool.org/
  

Many of applications that I study usually use perl programming (I'm java programming) sometime use java, so I can study from java programming only T_T.

Oh, and then, many of Web Services for Bioinformatics usually use for sharing application sometime sharing data from databases. Then I'd like to study ws (web services) for sharing data from databases first, after this I'll study ws for bioinformatics applications. :)